Metropola východného Slovenska do vzniku samostatnej diecézy patrila do Jágerskej diecézy. V roku 1347 dostalo mesto privilégiá od Ľudovíta Veľkého a tak sa Košice zaradili na druhé miesto medzi mestami v Uhorsku.

Mesto sa nechalo osloviť reformáciou. Po požiari (13. apríla 1556) opustili mesto dominikáni a františkáni. Katolíci zostali bez kňazov. Počas pontifikátu Gregora XIII. pobudol v Košiciach pápežský diplomat António Possevino SJ a to od septembra do decembra 1583. Práve on vo svojom liste zdôraznil pápežovi urýchlenú potrebu zriadenia seminára v Košiciach na výchovu katolíckych kňazov. Jeho návrh nebol v tom čase zrealizovaný.

Jágerský biskup Benedikt Kisdy kánonicky zriadil Univerzitu v Košiciach, ktorá bola zverená jezuitom listinou z 26. februára 1657 v Jasove.

Cisár Leopold I. "Zlatou bulou" (Bulla aurea) potvrdil túto univerzitu 7. augusta 1660 v Grazi. Jej teologická fakulta nemohla existovať bez kňazského seminára. Zakladajúcu listinu kňazského seminára vystavil biskup Tomáš Pálfy 4. júna 1664 v Košiciach. Svätý Ladislav sa stal patrónom seminára, ktorý sa začal nazývať Kisdyanum - podľa jeho dobrodincu, biskupa Kisdyho. Budova Kisdyana sa nachádzala na Alžbetinej ulici č. 2 (dnes budova Investičnej a rozvojovej banky). Kňazský seminár bol činný až do roku 1760, aj keď už existoval novopostavený kňazský seminár v Jágri (od r. 1709). Univerzita existovala až do roku 1777, kedy 27. augusta Mária Terézia vydala nariadenie "Ratio educationis", podľa ktorého existovala iba jedna Univerzita, a to v Budíne.

František II. rozdelil Jágerské biskupstvo a zriadil Košické a Szatmárske bikupstvo a zároveň povýšil Jágerské biskupstvo na arcibiskupstvo (23. februára 1804). Pápež Pius VII. potvrdil rozdelenie Jágerského biskupstva dňa 9. augusta 1804 bulou In universi gregis domici cura. Stavba seminára začala v roku 1805. Poslucháči 1. ročníka teológie boli v Košiciach v roku 1809, aj keď budova ešte nebola dokončená. Na začiatku školského roku 1811/12 bola požehnaná budova kňazského seminára. Z úcty k prvému rektorovi Karolovi Rajnerovi pomenovali seminár podľa sv. Karola Boromejského. Tak sa v tento rok teológia prednášala pre všetky ročníky.

Seminár zažil ťažké chvíle po Viedenskom arbitráži, ktorým územie Košíc pripadlo do Maďarska. Väčšina bohoslovcov opustila Košice a v štúdiu teológie pokračovali rozptýlení po diecéznych seminároch na Slovensku. V košickom seminári ostali z nich iba deviati, ktorí pochádzali z tohto územia. K nim sa pripojili bohoslovci z Jágru, ktorí tam študovali pre tú časť Košickej diecézy, ktorá po vzniku Československej republiky v roku 1918 ostala v Maďarsku. Z predstavených a profesorov seminára v Košiciach sa väčšina hlásila k maďarskej národnosti.

Biskup Jozef Čársky 8. septembra 1939 musel opustiť košice a odišiel do Prešova ako apoštoslký administrátor tých častí Košického, Szatmárskeho a Rožňavského biskupstva, ktoré ostali na Slovensku. Do Košíc prišiel Dr. Štefan Madarász 16. septembra 1939 ako nový košický biskup.

Po vrátení Košíc z Maďarska do ČSR v roku 1945 správa územia košickej diecézy bola zverená biskupovi Jozefovi Čárskemu. Predstavení seminára odišli spolu so svojím biskupom do Maďarska. Z dôvodu vojnových pomerov biskup zriadil seminár až v septembri 1945.

Štúdium v košickom seminári sa ukončilo v júni 1950. Bohoslovci mohli ešte urobiť semestrálne skúšky, ale na základe rozhodnutia štátnych orgánov sa mohli prihlásiť na osobitne organizovaný kurz. Keďže odmietli účasť, boli povolaní do osobitných vojenských útvarov. Predstavení a profesori seminára na konci školského roku boli policajne sústredení v seminárnej kaplnke s odôvodnením, že bezpečnostné orgány musia vykonať prehliadku v celej budove, lebo majú správy, že sa tam ukrývajú zbrane. Zbrane sa nenašli, ale biskupský seminár bol zrušený.

Už 10. júla 1950 bol ústne oboznámený ordinariát v Košiciach od zmocnenia Slovenského úradu pre cirkevné veci, že Kňazský seminár sv. Karola Boromejkého bude likvidovaný a jeho predstavení budú disponovaní do duchovnej správy diecézy.

Potom o dva dni neskôr bola spísaná zápisnica v kňazskom seminári o prevzatí budovy kňazského seminára, ktoré prebehlo v dňoch 11. a 12. júla 1950. Budovu v použiteľnom stave prevzalo do správy Krajského národného výboru cirkevné oddelenie v Košiciach.

Vládnym nariadením 112/1950 Zb., zo dňa 14.(26.) júla 1950, bol kňazský seminár zrušený. Len časť bohoslovcov dokončila svoje štúdiá v jedinom kňazskom seminári v Bratislave.

Po páde komunizmu na Zelený štvrtok 1992 biskup Mons. Alojz Tkáč prvýkrát verejne vyslovil svoj úmysel obnoviť kňazský seminár. Dňa 23. januára 1992, po nadobudnutí platnosti Zákona o zmiernení niektorých majetkových krívd, sa Košické biskupstvo stalo znovu majiteľom seminárnej budovy.

Erb Kňazského seminára sv. Karola Boromejského v Košiciach je zvislo delený. V pravej časti je vyobrazený znak Košickej Arcidiecézy, v ľavej atribút patróna seminára - sv. Karola Boromejského.

Erb Košickej arcidiecézy predstavuje zlatý svätoondrejský kríž v modrom poli - sv. Ondrej je totiž patrónom diecézy. V hornej časti sa nachádza zlatá anjuovská ľalia, ktorá súvisí s mestom Košice a tri zlaté ruže symbolizujú tri archidiakonáty: abovský-katedrálny, šarišský a zemplínsky.

Atribútom sv. Karola Boromejského je strieborný kardinálsky klobúk na červenom poli, ktorý odkazuje na jeho kardinálsku hodnosť.

Kombináciou týchto dvoch motívov napokon vznikol erb seminára.